Détecter et caractériser l'activité antimicrobienne des souches

La plateforme de criblage antimicrobien de DEINOVE vise l’exploration systématique de bactéries rares pour la production de nouveaux antibiotiques et antifongiques. Elle a été totalement automatisée pour permettre de tester un plus grand nombre d’extraits.

Une plateforme à haut débit de détection d’activités antimicrobiennes

La plateforme est équipée d’un échantillonneur automatisé qui permet de déposer les extraits bactériens séparés ensuite selon une méthode de chromatographie sur couche mince.

La CCM permet de faire migrer les différents composés de l’extrait bactérien sur les plaques de silice ou d’aluminium, et ainsi de les séparer en vue de l'identification de la molécule active.

Les plaques sont ensuite mises en contact de bactéries pathogènes et d'un marqueur de viabilité cellulaire dans une gélose. L’activité antibactérienne est visible en lecture directe sous la forme de halos plus clairs qui matérialisent l'activité inhibitrice sur le pathogène en question par un composé qui sera ensuite caractérisé par la plateforme analytique.

Chaque extrait est testé en routine sur différents microorganismes (Gram négatif, Gram positif, champignons).

La caractérisation à haut débit de la concentration minimale inhibitrice de chaque extrait pour différents pathogènes

Chaque extrait bactérien identifié comme présentant une activité antimicrobienne est ensuite testé pour définir la concentration minimale inhibitrice (CMI). Cela correspond à la plus petite concentration d'antibiotique suffisante pour inhiber, in vitro, la croissance d'un pathogène. Tous les extraits sont testés sur plusieurs pathogènes différents faisant partie de la liste des 12 pathogènes prioritaires définie par l’OMS.

A l’aide d’un robot, différentes concentrations de l’extrait sont préparées et mises en contact avec le pathogène testé. Après 16 heures d’incubation, la lecture automatisée par densitométrie permet de définir la concentration minimale nécessaire pour bloquer le développement de la bactérie pathogène.

La combinaison de ces deux approches vise à maximiser les chances de découvrir des molécules d’intérêt. Grâce à cette plateforme à haut débit, les équipes sont en mesure de tester 120 à 150 extraits par semaine.

Principales caractéristiques

 

Méthodes propriétaires s'appuyant sur un robot de criblage TECAN

Criblage multi-factoriel automatisé : haut débit et haut contenu