Guider et optimiser le travail de criblage

 

 

Les approches de génie génétique nécessitent une compréhension approfondie des génomes des espèces intéressantes. La plateforme bioinformatique de DEINOVE étudie le matériel génétique avec trois objectifs spécifiques :

  1. intégrer de nouvelles souches bactériennes,
  2. miser sur des gènes impliqués dans la production d'un composé donné, 
  3. comprendre les voies métaboliques en jeu qui devront être modifiées pour optimiser la production de composés.

Récolter de nouvelles souches bactériennes : bioprospection fondée sur les données

La plateforme bioinformatique apporte un éclairage rationnel aux efforts de bioprospection de Deinove. Les échantillons environnementaux prélevés dans la nature sont systématiquement analysés en laboratoire par métabarcodage ou séquençage métagénomique. Ces techniques permettent de caractériser et de quantifier le microbiome présent sur les points de prélèvement pour l’utilisation ultérieure de méthodes de microbiologie ciblées.

Exploration du génome

Le séquençage génomique à haute résolution est effectué sur les souches bactériennes les plus prometteuses au moyen de technologies de séquençage de deuxième et troisième générations. Par la suite, ces séquences génomiques de haute qualité peuvent être traitées avec des algorithmes d’exploration du génome capables de déterminer le groupe de gènes impliqué dans la biosynthèse d’une molécule intéressante spécifique. La fourniture de ces informations peut considérablement accélérer la détermination de la structure de la molécule active.

Modélisation métabolique

Avant d'introduire une nouvelle voie de synthèse dans une souche châssis, la séquence du génome de la souche est étudiée afin de construire un modèle du métabolisme de la souche. Ces modèles peuvent être utilisés pour évaluer par simulation informatique le rendement de production et donc la performance économique que l'on peut attendre d'une molécule cible. Ils sont également très importants pour concevoir des voies de synthèse qui fonctionneront de manière optimale dans le contexte du métabolisme des souches châssis.

Biologie intégrative

Deinove construit sa propre plateforme de biologie intégrative dédiée aux produits naturels antimicrobiens afin d’accroître ses connaissances en récupérant et en étudiant les connaissances du public. L'objectif de ce logiciel est de traiter les connaissances disponibles dans le domaine des antimicrobiens (des souches produisant des antibiotiques aux molécules) qui sont compilées dans une base de données organisée. Non seulement la disponibilité de ces données précises est très utile pour les chercheurs, mais elle alimente également des outils d'intelligence artificielle qui en tiennent compte à différents niveaux du processus de R&D.

Principales caractéristiques

 

 

Assistance à différentes étapes du processus de R&D

Aide à accélérer et à rationaliser les étapes de R&D